Criada em 1984, a APA Cajamar abrange parte da Serra do Japi e da Serra dos Cristais, que se estendem pelas regiões norte e noroeste do município, apresentando uma paisagem de morros cobertos com densa vegetação. Nessa região, se concentram os remanescentes de Mata Atlântica, com um número significativo de espécies da flora e fauna da região, além dos mananciais de abastecimento público. Em Cajamar, esses mananciais estão representados pelos rios Juqueri-mirim, Juqueri e Ribeirão das Lavras, e são abundantes os recursos hídricos e áreas de cabeceiras de diversos cursos-d’água. As serras do Japi, Guaxinduva, Guaxatuba e Cristais e seus recursos hídricos, especialmente, das bacias do Ribeirão do Piraí e do Jundiaí-Mirim que formam o maciço do Japi são atributos comuns das APAs Cabreúva, Cajamar e Jundiaí, formando um corredor de áreas protegidas. O maciço do Japi compreende 354 quilômetros quadrados de área, cujo ponto culminante atinge 1.250 m de altitude e foi tombado pelo CONDEPHAAT.