Espécies nativas
Ao se recuperarem matas ciliares degradadas, deve-se ter em vista que a diversidade de espécies precisa ser rica e semelhante à biodiversidade local. Para tanto, é preciso selecionar criteriosamente as espécies arbóreas que farão parte de um plantio ou semeadura.

Nesse sentido, a Resolução SMA 08/2008 fixa a orientação para o reflorestamento heterogêneo de áreas degradadas e é aplicada às matas ciliares do Estado de São Paulo. Nessa resolução, encontra-se uma extensa lista de espécies nativas sugeridas para reflorestamento, classificadas de acordo com algumas características, tais  como tipo de dispersão de sementes e local de ocorrência.
 
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